Постојат повеќе претпоставки за потеклото на името на градот Прилеп. Според едно предание на Марко Цепенков, луѓето кои почнале да се доселуваат, своите куќи ги граделе прилепени до калето на Марко, па поради прилепените куќи и градот го добил името Прилеп. Во истото предание се споменува дека градот бил прилебно место (место каде што се правело леб).
Според некои истражувачи името има старословенско потекло со значење блатно, мочурливо место, место покрај блато. Според Блаже Конески името Прилеп е образувано од личните имиња Прилепа и Прилепка, кои се зачувани во руската антропонимија
Градот Прилеп и воопшто населби на подрачјето на поширокиот прилепски регион, датираат уште од антиката, како што е археолошкиот локалитет Стибера, кај селото Чепигово. Во близина на градот, на Марковите Кули се откриени траги од предисториска населба.
Во раната антика тука израснала населбата Керамија , обновена во доцната антика, која до крајот на антиката останала селска населба и не прераснала во град и епископија.
