По завршувањето на Втората светска војна, Грција се најде во вртлог на сопствена крвопролевачка борба. Од 1946 до 1949 година, земјата беше поле на жестока граѓанска војна, во која судбината на нацијата ја одредуваа не само домашните сили, туку и големите светски сили. Десничарската влада, поддржана од Соединетите Американски Држави и Велика Британија, се судри со комунистичките партизани, кои добиваа поддршка од Комунистичката партија на Грција и антинацистичките единици на ЕЛАС.
Овој конфликт не беше само локална борба за власт – тој го означи и почетокот на глобалното геополитичко разделување што подоцна ќе стане познато како Студената војна. Поддршката што САД ѝ ја обезбедија на Грција, како и нивното идно членство во НАТО, се покажа како пресудна за победата над комунистичките сили, кои, пак, добиваа помош од Југославија и Албанија.
Првиот судир, од 1942 до 1944 година, се одвиваше како братоубиствена војна меѓу левицата и десницата, додека странските окупатори го контролираа териториумот. Со завршувањето на војната и враќањето на кралот Јоргос Втори од егзил во Каиро, започна втората фаза. Социјалистичките и комунистичките сили, кои веќе контролираа значителни делови од земјата, се соочија со власта во Атина, предводена од десноориентираната влада која се обидуваше да ја стабилизира државата под странска заштита. Последната фаза, која кулминираше во 1949 година, ја означи конечната победа на владејачката влада и забраната на Комунистичката партија на Грција.
Почетоците на конфликтот се наоѓаат во германската и бугарската окупација на Грција од 1941 до 1943 година. Кралот Јоргос Втори и неговата влада беа принудени на егзил во Египет, додека во земјата останаа марионетски колаборационистички структури, економски нестабилни и нелегитимни пред очите на народот. Левицата, пак, не прифати да ја признае ваквата власт и формираше Народноослободителниот фронт (ЕАМ) со своето вооружено крило ЕЛАС, како одговор на окупаторите и нивните соработници.
Во исто време, во Егејска Македонија се формираше Македонскиот Народноослободителен фронт (НОФ), кој ја обединуваше локалната македонска заедница во борбата за автономија и против грчката влада.
Од околу 50.000 жртви, 20.000 беа Македонци. По падот на комунистичките сили на 7 октомври 1949 година, 11 лидери на НОФ беа уапсени во Бурели, Албанија, а повеќе од 50.000 Македонци беа принудени да бегаат од своите домови. Многумина пронајдоа засолниште во Југославија, Полска, Романија, Чехословачка, Унгарија и Советскиот Сојуз, создавајќи долгогодишна дијаспора на македонски бегалци..
